y el segundo se sustituye por Mutant X con Havok

La década de 1990 vio el surgimiento de muchas series y mini-serie del universo X-Men. Generación X fue creado para formar un nuevo equipo de adolescentes mutantes. Marvel también lanzó aventuras en solitario durante varios personajes: por cable, Gambito, Obispo y Deadpool.

En 1998 Excalibur y X-Factor se abandonan, y el segundo se sustituye por Mutant X con Havok, que se despierta después de su supuesta muerte en un mundo paralelo. Al mismo tiempo, elimina Marvel Gambit, Obispo, X-Man, Mutant X y la Generación X y X-Force está completamente renovado. A pesar de estas series están vendiendo bastante bien, Quesada sostiene que tantos títulos de superhéroes mutantes es exagerado.

Marvel lanza algunas series ligeramente diferente:

Arma X, un grupo de mercenarios con Dientes de Sable, ósea y de otros personajes.

Exiliados, un grupo de mutantes de mundos paralelos y restablecer el orden en un mundo a otro (en la vena de la serie Sliders)

Un nuevo X-Force (más tarde rebautizado X-Statix) medios de superhéroes mutantes, populares y patrocinado.

En 2001, se crea una nueva serie llamada Ultimate X-Men. El guionista Mark Millar y artista Adam Kubert reinventar el concepto de los adolescentes de X-Men y atraen a muchos nuevos lectores. Ultimate X-Men hasta el universo Ultimate Marvel como Ultimate Spider-Man o The Ultimates, que ven los orígenes de los personajes principales de Marvel Comics reinventado y actualizada Disfraces Cosplay
. Otros eventos de guiones importantes tienen lugar en ese momento en la víspera de la destrucción, como la muerte de los personajes principales (Colossus y Psylocke) o la historia de los orígenes de Wolverine largamente esperados en 2001.

2001 es también el comienzo de la ascensión de Grant Morrison al guión, y Frank Quitely dibujo, para la revista X-Men a llamarse New X-Men para unos pocos números. En la serie E de Extinción, siguen los caracteres de la bestia, Jean Grey, el Profesor X, Cyclops, Wolverine y Emma Frost, un telépata seductora, ex reina blanca del Club Hellfire Disfraces D.C
. El grupo viste uniformes de cuero negro parecidas a las de la película "X-Men", lanzado en el año 2000. Las historias de la nueva X-Men se basa en escenarios de ciencia ficción complejas con muchos giros como la muerte de seis millones mutantes de Genosha, causadas por los centinelas. cambios polémicos también se llevan a cabo, con los personajes principales. Podemos mencionar, por ejemplo, la aventura extramarital Cyclops con Emma Frost tras el regreso de Jean que muere una segunda y una tercera vez una ráfaga del usurpador de Magneto después de estar muertos en el espacio y el reencarnado Phoenix, con el consiguiente ahorro de Wolverine; en sus últimos momentos, se reconcilia con Cíclope.

En 2003, Uncanny X-Men es luego vuelto a trabajar por Joe Casey (guión) e Ian Churchill (dibujo) y Chuck Austen (escenario) con diferentes artistas. La revista, que se centra en la aventura de acción tradicional y peleas, que tuvo lugar del iceberg, Diablo, arcángel, Havok, Polaris, Vega, Cámara, la cáscara y para la sorpresa de la Plaga, el famoso enemigo penal de X- los hombres desde mediados de la década de 1960 Chuck Austen vuelve Havok, que flotaban en el limbo desde la cancelación de la serie Mutant X durante la purga de 2000. Casey Austen y recibir muchos comentarios negativos Disfraces Dark knight
. Se les acusa de no izar Uncanny X-Men en el nuevo X-Men; algunos escenarios de elección no son bienvenidos (Diablo se convierte en sacerdote católico Polaris tiempo convertirse en un terrorista y arcángel y la cáscara eran una aventura - mientras que el último es un adolescente y qu'Archangel hecho doble de su edad).

En 2004, Morrison dejó Nuevos X-Men y Marvel elimina X-Treme X-Men para colocar Claremont de nuevo al mando de Uncanny X-Men. La compañía también lanzó Astonishing X-Men con el guionista Joss Whedon (conocido por la creación de la serie de televisión Buffy los contras Vampiro) y el artista John Cassaday. Esta operación se llama X-Men Reload: a partir de un episodio a otro, todos los títulos asociados con el avance X-Men de 6 meses.